Mentega Terbang mengisahkan kisah seorang remaja beragama Islam, Aisyah, dengan ibunya merupakan seorang penghidap kanser terminal, sementara bapanya merupakan liberal keagamaan, dan sering mempersoalkan soal hidup mati. Dalam filem ini, Aisyah mula mendalami aspek-aspek pelbagai agama seperti mendalami kitab-kitab suci, termasuk Al-Quran, Alkitab dan Veda. Setelah ibunya meninggal dunia, Aisyah ternampak seekor kupu-kupu menetap di atas pusara ibu, menyebabkan Aisyah kemudian mula tertarik kepada konsep reinkarnasi— lahir semula menjadi makhluk lain selepas kematian.